Introducción: Las infecciones respiratorias agudas constituyen la causa fundamental de mortalidad y morbilidad a nivel mundial, siendo sus principales agentes causales los virus respiratorios. La detección rápida y precisa de estos patógenos es determinante en el tratamiento y la prevención de las enfermedades que ocasionan y los métodos moleculares de diagnóstico constituyen herramientas muy útiles por su elevada sensibilidad, especificidad y rapidez en la obtención de los resultados. Método: El presente trabajo se propuso introducir cuatro ensayos de RT-PCR en tiempo real para el diagnóstico y la vigilancia del laboratorio mediante el procesamiento de la totalidad de las muestras recibidas en el período comprendido entre septiembre 2013 y abril 2014 que incluyó la extracción automatizada de ácidos nucleicos. Resultados: Se procesaron un total de 2441 muestras clínicas respiratorias. Se detectó señal de amplificación para alguno de los virus respiratorios en 1290 muestras para un 52,85%. El mayor número de positivos se obtuvo para el virus sincitial respiratorio humano, con un 47,83% de positividad. Este elevado porcentaje fue consecuencia de  un evento epidémico por un nuevo genotipo de este agente sobre el cual se alertó oportunamente a las autoridades nacionales de salud. Conclusión: Los ensayos introducidos permitieron actualizar y aumentar la sensibilidad del algoritmo para el diagnóstico y la vigilancia de los virus respiratorios en Cuba.